De kerk en toren van Poortvliet maken een forse indruk en maken in ieder geval duidelijk dat het dorp Poortvliet in de late Middeleeuwen van een zeker belang was. Zoals op vele plaatsen zien we ook hier dat toren en kerk uit verschillende bouw-perioden dateren, de toren uit de 14e eeuw, waarschijnlijk omstreeks 1350. Het schip van de kerk met de beide zijbeuken is ongeveer honderd jaar jonger.
De toren is massief met relatief kleine galmgaten en wijkt wat betreft de vorm, nogal af van het merendeel van de bakstenen Zeeuwse torens uit dezelfde periode. We zien hier namelijk op de vierkante onderbouw met steunberen tot halve hoogte een achtkantige opbouw met eveneens achtkantige spits, die aan het geheel een enigszins speels karakter geeft. De Vlaamse invloed in deze bouwstijl is duidelijk waarneembaar. Andere voorbeelden van dergelijke achtkantige torengeledingen zien we in Groede, 's Gravenpolder, Noordwelle en op korte afstand daarvan bij de zogenaamde Plompetoren, het enige overblijfsel van de verdwenen kerk van het door de Oosterschelde verzwolgen dorp Koudekerke. De ruimte onder de toren heeft een eenvoudig kruisgewelf zonder ribben. De in 1586 te Middelburg gekochte torenklok werd in 1709 naar Middelburg gebracht om te worden vergoten. Jilles van de Gilde goot de nieuwe 1000 kg zware klok. Hierop waren de wapens van de heer van Poortvliet, Cornelis de Jonge van Ellemeet en van het dorp aangebracht. In 1914 werd deze klok omgegoten door B. Eysbouts te Asten. Het randschrift van de nieuwe klok luidt: "Vivos Voco Mortuos Plango". (De vertaling van dit Latijnse opschrift luidt: "Ik roep de levenden en beween de doden".) Verder werden op de klok aangebracht het familiewapen van De Jonge en de namen van burgemeester, secretaris en raadsleden.
We kunnen als vrijwel vaststaand aannemen dat op de plaats van het huidige kerkschip eerder een ander kerkgebouw heeft gestaan. Mogelijk werd dat gebouwd tegelijkertijd met de toren, maar waarschijnlijk nog in een vroegere periode.
Het schip van de kerk met de zijbeuken geeft aanleiding tot enkele speciale opmerkingen. De kerk is volgens de vormregels van de Brabantse gotiek gebouwd. Voor een dorpskerk is het vrij bijzonder dat we hier te doen hebben met een basilikaal schip, gekenmerkt door vensters bovenin de zijwanden van het middenschip. De mogelijkheid om deze vensters aan te brengen is geschapen door het feit dat de beide zijbeuken relatief laag gehouden zijn. Het is een facet wat aan de kerk duidelijk allure heeft gegeven en nog steeds geeft. Het door de boven-vensters binnenvallende zonlicht zorgt voor een luchtig karakter en een vriendelijk beeld.
Ook bijzonder is het grote raam in de oostelijke wand die het schip afsluit, boven de preekstoel. Uiteraard is dit niet oorspronkelijk want dit kan pas aangebracht zijn ten tijde van het optrekken van de afsluitende wand op de plaats van de triomfboog. Het aanbrengen van deze wand is noodzakelijk geworden door het afbreken van het koor, wat mogelijk in de 18e eeuw heeft plaatsgevonden.
Het meest opmerkelijke evenwel, is het feit dat de deur in de zuidelijke zijbeuk en de deur in de noordelijke zijbeuk niet dezelfde situering hebben. De deur in de zuidelijke zijbeuk, waaromheen het tochtportaal gebouwd is, vinden we in de derde travee vanaf de toren, de deur in de noordelijke zijbeuk in de tweede travee. We hebben hiervoor geen verklaring bij de hand. Het recht tegenover elkaar aanbrengen van deze deuren in de zuid- en noordwand was namelijk, evenals bijvoorbeeld het bouwen van het kerk-schip in de oost-westrichting, gebaseerd op de symboliek van de hemelrichtingen en alles wat hiermee verband hield werd door de middeleeuwse kerkbouwers consequent toegepast. We kunnen in deze deuren de stille getuigen zien van de vrijwel geheel vergeten symboliek, waarin de noorddeur het begin van het leven was, de zuiddeur het einde.
De pasgeborene werd door de noord-deur binnen gebracht, waar de priester als het ware het kind op de drempel doopte. We moeten hierbij aantekenen dat het dopen van de kinderen waarschijnlijk in de loop van de 15e eeuw al verplaatst is naar een aparte doopkapel.
Het uitdragen van de overledenen gebeurde door de zuiddeur, symbolisch het licht tegemoet. Het begraven gebeurde oorspronkelijk ook alleen aan de zuidkant van de kerk. Alleen misdadigers en onbekende vreemdelingen kregen hun laatste rustplaats aan de noordzijde. Ook bij de talrijke processies speelden de deuren hun symbolische rol. Bij een processie verliet men samen met de priester de kerk door de zuiddeur, maakte een ommegang door het dorp om door de noorddeur weer binnen te komen. De ingang van de kerk voor het normale kerkbezoek door de leken was altijd de toren-ingang, dus aan de westzijde.
De kerk van Poortvliet is als kruiskerk gebouwd. Tot de reformatie was ze aan Sint Pancratius gewijd. De heilige Pancratius leefde in de 4e eeuw en was als jongeling al zeer gedreven. Op veertienjarige leeftijd begaf hij zich onder de heidenen en werd onthoofd met het zwaard.
Door een brand, waarschijnlijk in 1584 of 1585, is het hele gebouw zwaar geteisterd en na die tijd ook nooit in zijn oude luister hersteld. De herbouw vond plaats in 1586, werd althans in dat jaar aangevangen. In de herbouwkosten werd in belangrijke mate bijgedragen door de Raad van Staate. Dit komt niet zo vreemd over als we bij Ermerins lezen: Het belang welk den Raad van Staate nam tot herbouwing van het kerkgesticht, zal misschien daar van afgekomen zijn, dat het verwoesten en afbranden van dit Godshuis, door der Staaten krijgsvolk bij het verdrijven der Spanjaarden uit nood heeft moeten geschieden." We kunnen er zeker van zijn dat het vrijwel geheel ontbreken van ornamenten uit de bouwtijd aan deze ernstige calamiteit te wijten is. Ook hierover verschaft Ermerins ons opheldering: Bij de herbouw mogt niets overblijven wat den Roomschen Eerdienst konden aanduiden, waarom tot de fundamenten van den Autaar (is altaar) uitgebrooken werden." Het enige op dit terrein is een draag-figuur aan een kolom aan de zuid-zijde, voorstellende een man met een bijbel in de hand.
In de noordelijke dwarsarm, die nog zijn oorspronkelijke afmeting heeft, is tegenwoordig de consistorie ingericht. Naast de noordelijke dwarsarm is een 16e- eeuwse uitbouw in de vorm van een kapel. De zuidelijke dwarsarm is in de loop van de tijd gedeeltelijk afgebroken. Hierdoor en door het feit dat het koor verdwenen is, maakt het gebouw van buiten een enigszins verminkte indruk, hoewel ook in dit opzicht de restauratie van begin zeventiger jaren veel goed heeft gemaakt.